A história do Museu do Castelo Real de Wawel remonta a 1882, quando Jan Matejko fez uma contribuição significativa ao doar a sua renomada pintura “Homenagem Prussiana”.
Isto marcou o início do museu, originalmente destinado a ser estabelecido dentro da residência real. É importante notar que esta pintura está atualmente em exibição no Museu de Cracóvia, na Galeria de Pintura do Século XIX nas Sukiennice.
A formação das coleções “Wawelianas” começou em 1905 durante os esforços de conservação realizados no castelo após a saída das tropas austríacas. Estes trabalhos de conservação marcaram os primeiros estágios do desenvolvimento do museu.
Um papel fundamental na formação do destino do museu foi assumido pela Direção da Restauração do Castelo de Wawel (mais tarde conhecida como Direção da Renovação do Castelo Real de Wawel).
Esta instituição foi criada para supervisionar a conservação do Castelo de Wawel após a sua aquisição das autoridades militares austro-húngaras. Este papel persistiu até ao final de 1985.