История Вавельского королевского замка-музея берет свое начало с 1882 года, когда Ян Матейко внес значительный вклад, подарив свою знаменитую картину «Прусское почтение».
Это ознаменовало начало создания музея, который первоначально планировалось разместить в королевской резиденции. Важно отметить, что эта картина в настоящее время хранится в Национальном музее Кракова, в Галерее живописи XIX века в Сукенницах.
Формирование «вавельской» коллекции началось в 1905 году во время консервационных работ, предпринятых в замке после ухода австрийских войск. Эти консервационные работы ознаменовали ранние этапы развития музея.
Ключевую роль в формировании судьбы музея взяло на себя Управление реставрации Вавельского замка (позже — Управление реставрации Вавельского королевского замка).
Это учреждение было создано для надзора за сохранением Вавельского замка после его приобретения у австро-венгерских военных властей. Эта роль сохранялась до конца 1985 года.