Wawel Slottsmuseum sin historie kan spores tilbake til 1882 da Jan Matejko gjorde en betydningsfull donasjon ved å gi bort sitt berømte maleri «Prøyssisk hyllest». Dette markerte begynnelsen på museet, som opprinnelig var tenkt å etableres innenfor det kongelige residens. Det er viktig å merke seg at dette maleriet nå er utstilt på Det nasjonale museet i Krakow, i Galleriet for malerier fra 1800-tallet i Sukiennice.
Dannelsen av «Wawel-samlingene» startet i 1905 under restaureringsarbeidene som ble gjennomført på slottet etter at de østerrikske troppene hadde forlatt. Disse bevaringsarbeidene markerte starten på museets utvikling.
En sentral rolle i å forme museets skjebne ble påtatt av Administrasjonen for restaureringen av Wawel-slottet (senere kjent som Administrasjonen for renovering av Wawel Slott).
Denne institusjonen ble etablert for å føre tilsyn med bevaringen av Wawel-slottet etter at det ble ervervet fra de østerriksk-ungarske militære myndighetene. Denne rollen vedvarte frem til slutten av 1985.