L’histoire du Musée du Château Royal de Wawel remonte à 1882, lorsque Jan Matejko a fait une contribution significative en faisant don de sa célèbre peinture « Hommage prussien. »
Cela a marqué le début du musée, initialement destiné à être établi au sein de la résidence royale. Il est important de noter que cette peinture est actuellement conservée au Musée national de Cracovie, dans la Galerie de la peinture du 19ème siècle des Sukiennice.
La formation des collections « Waweliennes » a commencé en 1905 lors des efforts de conservation entrepris dans le château après le départ des troupes autrichiennes. Ces travaux de conservation ont marqué les premières étapes du développement du musée.
Un rôle clé dans la formation du destin du musée a été joué par la Direction de la Restauration du Château de Wawel (plus tard connue sous le nom de Direction de la Rénovation du Château Royal de Wawel).
Cette institution a été établie pour superviser la conservation du Château de Wawel après son acquisition auprès des autorités militaires austro-hongroises. Ce rôle a persisté jusqu’à la fin de 1985.