El Museo del Castillo Real de Wawel tiene sus orígenes en 1882, cuando Jan Matejko realizó una importante contribución al donar su renombrada pintura «Homenaje Prusiano».
Este marcó el inicio del museo, originalmente concebido para establecerse dentro de la residencia real. Es importante señalar que esta pintura se encuentra actualmente en el Museo Nacional de Cracovia, en la Galería de Pintura del Siglo XIX en las Sukiennice.
La formación de las colecciones «Wawelianas» comenzó en 1905 durante los trabajos de conservación realizados en el castillo después de la partida de las tropas austriacas. Estas obras de conservación marcaron los primeros pasos en el desarrollo del museo.
Un papel fundamental en la formación del destino del museo fue desempeñado por la Dirección de la Restauración del Castillo de Wawel (posteriormente conocida como Dirección de la Restauración del Castillo Real de Wawel).
Esta institución se estableció para supervisar la conservación del Castillo de Wawel tras su adquisición a las autoridades militares austrohúngaras. Este papel perduró hasta finales de 1985.