Sejarah Museum Kastil Kerajaan Wawel dimulai pada tahun 1882 ketika Jan Matejko memberikan kontribusi signifikan dengan mendonasikan lukisannya yang terkenal “Penghormatan Prusia.”
Ini menandai awal berdirinya museum, yang awalnya dimaksudkan untuk didirikan di dalam kediaman kerajaan. Penting untuk dicatat bahwa lukisan ini saat ini disimpan di Museum Nasional di Krakow, di Galeri Lukisan Abad ke-19 di Sukiennice.
Pembentukan koleksi “Wawelian” dimulai pada tahun 1905 selama upaya konservasi yang dilakukan di kastil setelah kepergian pasukan Austria. Pekerjaan konservasi ini menandai tahap awal pengembangan museum.
Peran penting dalam membentuk masa depan museum diambil oleh Pengelolaan Restorasi Kastil Wawel (kemudian dikenal sebagai Pengelolaan Renovasi Kastil Kerajaan Wawel).
Lembaga ini didirikan untuk mengawasi konservasi Kastil Wawel setelah diambil alih dari otoritas militer Austro-Hungaria. Peran ini berlangsung hingga akhir tahun 1985.