Wawel Kraliyet Sarayı Müzesi’nin tarihi, Jan Matejko’nun ünlü tablosu “Prusya Övgüsü”nü bağışlayarak önemli bir katkıda bulunduğu 1882’ye kadar uzanır. Bu, aslında kraliyet ikametgahı içinde kurulması planlanan müzenin başlangıcını işaret eder. Bu tablonun şu anda Krakov’daki Ulusal Müze’de, Sukiennice’deki 19. Yüzyıl Resim Galerisi’nde bulunduğunu belirtmek önemlidir.
“Vavel” koleksiyonlarının oluşturulması, Avusturya birliklerinin ayrılmasının ardından kalede yapılan koruma çalışmaları sırasında 1905’te başladı. Bu koruma çalışmaları, müzenin gelişiminin erken aşamalarını işaret etti.
Müzenin kaderini şekillendirmede önemli bir rolü olan Vavel Kalesi Restorasyon Yönetimi (daha sonra Vavel Kraliyet Sarayı Restorasyon Yönetimi olarak bilinen) tarafından üstlenilen belirleyici bir rol vardı.
Bu kurum, Avustro-Macar askeri yetkililerinden satın alındıktan sonra Vavel Kalesi’nin korunmasını denetlemek üzere kurulmuştu. Bu rol, 1985’in sonuna kadar devam etti.