ヴァーヴェル王宮博物館の歴史は、1882年にヤン・マテイコが自身の有名な絵画「プロイセンへの服従」を寄付したことにさかのぼる。このことは、王宮内に設立されることを意図していた博物館の始まりを示している。重要なのは、この絵画が現在はクラクフの国立博物館、スキェニツェの19世紀絵画ギャラリーに所蔵されているということです。
「ヴァーヴェル」コレクションの形成は、1905年にオーストリア軍が去った後の城で行われた保存活動の中で開始された。これらの保存作業は、博物館の発展の初期段階を示している。
博物館の運命を形作る上で重要な役割を果たしたのは、ヴァーヴェル城の修復管理（後にヴァーヴェル王宮の改修管理として知られる）が果たした。この機関は、オーストリア・ハンガリーの軍当局から城を取得した後のヴァーヴェル城の保存を監督するために設立された。この役割は1985年の終わりまで続いた。