ハーン・ユーヌスは、ガザ地区内に位置し、パレスチナ国民権限の一部です。この都市は、同名の地区の行政中心地として機能しています。
都市の名前は、1389年にイニとモスク（「ハーン」と呼ばれる）を設立したエミール・ユーヌス・アル＝ヌリジと密接に関連しています。この場所は後に都市となる場所で、周囲に集落が発展しました。
1516年、オスマン・マムルーク戦争中に、ハーン・ユーヌスの近くで重要な戦闘が起こりました。この戦いは、オスマン帝国軍（ハーディム・シナン・パシャ指揮下）とエジプトのマムルークとの間で行われました。この戦いの結果、オスマン帝国が勝利を確保しました。