Khan Yunus, Gazze Şeridi’nde bulunan ve Filistin Ulusal Yönetimi’nin bir parçası olan bir şehirdir. Kendi adını taşıyan ilin idari merkezi olarak hizmet vermektedir.
Şehrin adı, 1389’da burada bir han (veya “khan” olarak anılan) ve bir cami kuran Emir Yunus al-Nurizi ile yakından ilişkilidir. Zamanla bu yer etrafında bir yerleşim yeri gelişti.
1516’da Osmanlı-Memlük Savaşı sırasında Khan Yunus yakınlarında önemli bir savaş meydana geldi. Bu savaşta, Osmanlı ordusu, Hadım Sinan Paşa tarafından komuta edilirken Mısır Memlükleri ile karşı karşıya geldi. Savaşın sonucu Osmanlılar lehine oldu ve onların çatışmada zafer kazanmalarını sağladı.