Khan Yunus er en by som ligger innenfor Gazastripen og er en del av den palestinske nasjonale myndigheten. Den fungerer som administrativt senter for provinsen som deler navn med den.
Byens navn er nært knyttet til Emir Yunus al-Nurizi, som i 1389 etablerte et vertshus (referert til som en «khan») og en moské på stedet som senere skulle bli byen. Over tid utviklet det seg en bosetning rundt dette stedet.
I 1516, under osmansk-mamlukkrigen, fant det sted et betydelig slag nær Khan Yunis. Dette slaget satte den osmanske hæren, kommandert av Hadim Sinan Pasha, opp mot de egyptiske mamelukkene. Utfallet av slaget gikk i favør av osmanene og sikret deres seier i konflikten.